I CD-ROM possono essere creati utilizzando diversi file system parzialmente o totalmente incompatibili tra loro.

Pertanto un CD prodotto su un sistema non sempre è leggibile su un altro sistema e questa situazione appare evidente quando si cerca di leggere da NetBSD un CD prodotto da un programma di masterizzazione che opera sotto Windows.

I file system gestiti da Nero Burning Rom sono:

ISO9660
(del 1988) è il primo che è stato proposto e rappresenta una sorta di denominatore comune tra i vari sistemi operativi (Apple, MS-DOS, Windows, Unix e VMS);

Joliet
definito da Microsoft per i propri sistemi espande l'ISO9660 consentendo, per esempio, nomi di file lunghi. In generale un CD in questo formato non è leggibile sui sistemi Unix e Apple (NetBSD-current supporta anche il formato Joliet);

HFS
utilizzato solo ed esclusivamente dai computer Macintosh;

UDF
ottimizzato in particolare per gestire grandi quantità di dati, e anche per consentire facili modifiche al file system esistente.